No inicio da colonização do Brasil, Portugal não devotou tanta atenção aos índios. Havia a crença de que eles eram desprovidos de alma, não valendo a pena instruí-los na forma da doutrina católica. Além do mais, os gentios tinham sua própria religião, viviam despreocupadamente, caçavam e pescavam para assegurar a alimentação dos comunitários. Quando se acostumavam a conviver com os portugueses, assimilavam rapidamente o modo de agir dos colonizadores. E3ntretanto, a convivência relativamente amistosa não tardou a se transformar em conflito. Foi assim, em todo o Brasil litorâneo, logo após a chegada dos brancos.

Na região Norte, notadamente nas terras do Grão Pará, os primeiros religiosos a desembarcar na primitiva Belém foram os padres franciscanos da Província de Santo Antônio de Lisboa, fato ocorrido no dia 11 de novembro de 1617. Vieram com o propósito de converter os índios ao catolicismo e constituir pequenos núcleos nos arredores da vila de Santa Maria de Belém, fundada a 12 de janeiro de 1616. Isso foi possível após que as tropas portuguesas chefiadas por Alexandre de Moura chegarem ao Maranhão e conseguissem derrotar os franceses, no dia 4 de novembro de 1615. A ocupação de São Luiz foi vital para o envio da expedição comandada por Francisco Caldeira Castelo Branco à região onde despontou a capital paraense. Em 1621 foi criado o Estado do Maranhão e Grão Pará, cujo primeiro governador foi Francisco Coelho de Carvalho, que favoreceu o desenvolvimento da vida social e religiosa em São Luiz, a sede do governo. Em Belém não foi diferente. Em 1618, a vila contava com o concurso de um vigário e dois franciscanos de Santo Antônio.

Em 1624, São Luiz passou a contar com a presença do frei Cristovão de Lisboa, que era da província franciscana portuguesa de Nossa Senhora da Piedade. Bem qualificado, o sacerdote em questão era qualificador do Santo Oficio. Comissário de sua província, em Portugal e primeiro custódio da província no Maranhão. Como comissário do Santo Oficio (inquisição) e visitador eclesiástico, percorreu o norte do atual Brasil e procurou organizar as missões no Maranhão. Outras ordens religiosas portuguesas também se estabeleceram no Grão Pará: Jesuítas, capuchos da Piedade, capuchos da Conceição de Beira e Minho e os mercedários. Para evitar problemas entre as áreas confiadas às ordens, Dom Pedro II, rei de Portugal fez a repartição das tarefas catequéticas no Maranhão e no Pará.

As terras situadas à margem direita do rio Amazonas (o lado sul) foi confiada aos Jesuítas, que foram os mais numerosos. A Marge esquerda (o lado norte) foi rateada entre os mercedários, capuchos da Piedade, capuchos da Conceição, capuchos de Santo Antônio. Os carmelitas passaram a atuar nas confluências dos rios Solimões, Negro e Madeira. O propósito de Portugal em fazer concessões aos religiosos era o de segurar as fronteiras da colônia. Era imprescindível anular a atuação e concorrência dos franceses no litoral do Amapá e em Caiena, dos holandeses e dos espanhóis. Outra tarefa consistia em transformar índios brabos em índios mansos, fazendo-os colaborar com o objetivo mercantilista lusitano. Os carmelitas e os franciscanos adaptaram-se mais ou menos a este esquema. Os jesuítas, porém, tiveram um plano próprio, não imposto pelo sistema. Opuseram-se ao esquema colonial e entraram em conflito grave com a administração do império português. Acabaram sendo expulsos do Brasil. As terras do atual Estado do Amapá foram confiadas aos franciscanos da província de Santo Antônio de Lisboa (Pádua). “Aí o perigo decorria da aventura dos franceses e holandeses. Além das terras do Cabo do Norte, eles também ganharam a incumbência de agir no Marajó e Norte do Rio Amazonas.

Os índios aruãs, apegados aos franceses foram bastante hostis com os franciscanos, mas, aos pouco passaram a conviver amistosamente com eles. Eram os índios profundos conhecedores dos rios e florestas. Valendo-se disso, os religiosos, principalmente os jesuítas, organizaram a coleta de drogas do sertão. Para convencer os índios, os sacerdotes diziam que a quantidade precisava ser elevada, haja vista, que uma parte seria destinada a “Tupã bae” (coisa de Tupã). A produção compreendia cravo, canela, madeira,ovos de tartaruga, cacau, salsaparrilha, manacuru (peixe boi)