Ocorreu na noite de 22 de junho de 1948, na Igreja de São José a despedida dos Padres Antônio Schulte e João Lentnerz, integrantes da Congregação da Sagrada Família. Eles deixariam a cidade de Macapá no dia posterior com destino a Belém. Antes de partirem, os sacerdotes sacramentinos dirigiram ao povo palavras comovedoras, agradecendo a acolhida e a colaboração que a comunidade católica lhes prestou.

Dia 23, às 11 horas, o Padre Antônio Schulte é levado pelos sacerdotes italianos recém chegados a Macapá, pelo capitão Janary Gentil Nunes, governador do Território Federal do Amapá, membros de sua equipe de governo e pelo povo ao Trapiche Municipal Major Eliezer Levy, onde a lancha Amapá o aguardava.

O Padre João Lentnerz ainda realizou uma desobriga pela região das Ilhas do Pará antes de afastar-se definitivamente de Macapá. Desde o dia 29 de maio de 1948, já estavam na cidade os sacerdotes italianos Aristides Piróvano e Arcângelo Cerqua. Eles vieram acompanhando o Bispo de Santarém, D.Anselmo Pietrula e ficaram hospedados na residência governamental.

Foram os dois primeiros padres do Pontifício Instituto das Missões Estrangeiras-PIME, a pisarem em solo macapaense. O PIME iria substituir a Congregação da Sagrada Família. No dia 30 de maio Aristides Piróvano foi declarado Superior Apostólico e Arcângelo Cerqua assumiu o cargo de vigário da Paróquia de São José.

Os sacramentinos permaneceram em Macapá até o dia 23 de junho. Os padres italianos foram chegando aos poucos. No dia 10 de junho, a bordo de um avião da Força Aérea Brasileira, chegam a Macapá os Padres Ângelo Bubani e Vitório Galliani. À noite, na hora da benção do Santíssimo Sacramento, o Padre Vitório tocou pela primeira vez seu harmonium e tentou convencer os fiéis a cantar.

As mulheres até que se manifestaram, mas os homens pareciam estar mudos. Na época em que o Padre Júlio Maria Lombaerd atuou em Macapá, uma banda de música formada por meninos, intitulada Filarmônica São José, se apresentava na igreja em momentos festivos. Porém, não havia o mágico harmonium que os macapaense chamavam de sanfona, Aliás, o Padre Vitório Galliani não gostava que seu belo instrumento fosso rotulado como sanfona ou acordeom. Dia 25 de junho de 1948, o rebocador Araguary, que integrava a frota do governo do Amapá aportava no Trapiche Eliezer Levy, proveniente de Belém, trazendo a bordo mais cinco sacerdotes do PIME: Lino Simonelli, Mário Limonta, Luiz Viganó, Jorge Basile e Carlos Bassanini.

O Padre Mário Limonta já encontrou na Casa Paroquial parte do material que utilizaria para ampliar e reformar o citado imóvel, instalando novos banheiros, sanitários e dormitórios. Ele não era engenheiro, mas conhecia muito bem o oficio de construtor. Com bastante rapidez, ajudado por operários locais, Mário Limonta avançou bastante na reforma da Casa dos Padres e assentou as pias de água benta na igreja. Dia 17 de julho, em avião da FAB, chegou o Irmão Francesco Mazzolene, um homem de avantajada compleição física que ficaria conhecido em Macapá como Caterpillar.

Os trabalhos de restauração da Igreja de São José foram iniciados no dia 11 de outubro. A 4 de novembro o aspecto geral da igreja era bem diferente a as ações dos operários chefiados pelo Padre Mário Limonta se concentravam no batistério. No dia 10 de novembro, depois de trabalhar até altas horas da noite, os trabalhadores aprontaram a sala de reuniões e concluíram a pintura da fachada do templo. Os arremates da pintura couberam ao Padre Mário Limonta.

Quem vê a pintura do altar principal e dos altares laterais julga que eles são feitos de mármore, mas não são. A frente da casa de orações exigiu maior criatividade. Alguns elementos novos foram introduzidos no frontispício. Para poder executar seu trabalho, o Padre Mário Limonta precisou sentar em uma espécie de balanço que era sustentado pelo gigantesco Irmão Francisco. A cena atraiu dezenas de curiosos para frente da igreja. Postado sempre em um ponto superior, Francisco Mazzolene controlava com as mãos as cordas do balanço que permitiam ao pintor subir ou descer de nível. Dia 1º de dezembro foi a vez de a sacristia apresentar nova caiação e reorganização.

O número de sacerdotes do PIME, que era de nove passou para onze com a chegada dos Padres Simão Corridore e Ângelo Negri. Pouco depois, a 18 de dezembro, desembarcam no velho aeroporto da Panair do Brasil os Padres Antônio Cocco e Pedro Locati, elevando para treze o número de sacerdotes, mais o Irmão Mazzolene. Com o advento do Natal, Padre Mário Limonta volta a mostrar sua versatilidade construindo um presépio no interior da igreja de São José. Tudo é muito simples, mas encanta quem o vê. Na noite de 24 de dezembro foi celebrada a missa da meia note e a igreja ficou lotada.

No decorrer do ato litúrgico foram entregues as fitas de aspirantes a 13 candidatos à Congregação Mariana, cuja organização foi iniciada no dia 24 de outubro pelo servidor público e católico praticante Klepper Navegante Motta. Ao final da missa deu-se a descoberta do presépio compreendendo as mesmas figuras expostas por São Francisco de Assis em 1223: Menino Jesus, Virgem Maria, São José, manjedoura, burro, boi, ovelhas, anjos, estrela, pastores e os três Reis Magos. No Brasil, a primeira encenação foi mostrada aos índios, em 1552.