Nomeado governador do Território Federal do Amapá a 27 de dezembro de 1943, com posse no Ministério da Justiça dia 29, o jovem Capitão Janary Gentil Nunes não perdeu tempo para montar sua equipe de assessores em nível de primeiro escalão. Ele sabia que a missão confiada pelo Presidente da República, Getúlio Dorneles Vargas seria árdua e desgastante, razão pela qual precisaria de pessoas disciplinadas, éticas e experientes.

A então República dos Estados Unidos do Brasil estava sob regime ditatorial iniciado em 1930 e os territórios federais tinham sido criados para marcar a presença do governo nas áreas de segurança nacional. Janary Nunes já havia servido no contingente do Exército sediado no Oiapoque, era natural da cidade de Alenquer, no Estado do Pará, e no decorrer da II Guerra Mundial comandou a Companhia Independente de Metralhadoras Antiaérea de Val-de-Cans, em Belém.

A capital do Território do Amapá, nos termos do decreto-lei nº 5.812, de 13 de setembro de 1943, que o criou, deveria ser a cidade de Amapá, palco da reação de bravos brasileiros contra a invasão dos franceses a 15 de maio de 1895. Mas, a cidade de Amapá só podia ser alcançada por via marítima e aérea, tendo como complicador o fato de estar em curso a II Guerra Mundial e parte de seu território abrigar uma base aérea construída pelos americanos. Janary Nunes requereu ao Presidente Vargas a mudança da sede para Macapá, sendo atendido no dia 31 de maio de 1944.
Mesmo sem existir um ato administrativo declarando Macapá como capital da nova unidade administrativa, o Capitão-governador instalou o governo do Território do Amapá na então decadente “estância das bacabas”. No dia 25 de janeiro de 1944, viajando no avião “Veiga Cabral”, do Aero-Clube Júlio César, de Belém, Janary Nunes e seus convidados foram recepcionados em Macapá pelo Secretário-Contador da Prefeitura, Tenente Jacy Barata Jucá. Ele exercia temporariamente o cargo de prefeito devido à licença médica tirada pelo Major Eliezer Moisés Levy.

Do campo de pouso da Panair do Brasil até o prédio da “Intendência Municipal”, os passageiros e tripulantes do avião foram transportados na carroça do senhor Pedro Lino do Carmo, sobejamente conhecido na cidade como Pedro Bolívar. A solenidade de instalação do governo contou com a presença do senhor Guilherme Lameira Bittencourt, que representou o governo do Estado do Pará.

Até que outro lugar condigno fosse preparado para abrigar o gabinete do governador, Janary Nunes e seus primeiros assessores dividiram os espaços da Prefeitura de Macapá com a equipe de Jacy Jucá. A estrutura imediata de governo compreendeu uma Secretaria e sete Departamentos: Secretário Geral, advogado fazendário Raul Montero Valdez; Diretor do Departamento de Segurança Pública e Guarda Territorial, advogado e jornalista Paulo Eleutério Cavalcante de Albuquerque; Diretor de Saúde Pública, médico Pedro Lago da Costa Borges; Diretor de Educação e Cultura, advogado e professor Otávio Machado Mendonça; Diretor de Produção e Pesquisa, Arthur de Miranda Bastos; Diretor de Viação e Obras Públicas, engenheiro Hildegardo Nunes; Diretor de Administração, contabilista Paulo Moacyr de Carvalho; Diretor de Terras, Geografia e Estatística, agrônomo Oscar Leite Brasil.

Posteriormente, os departamentos foram transformados em divisões e as atividades de geografia e estatísticas ficaram como competências da Divisão de Administração. Também foi criada a Superintendência dos Serviços Industriais e nomeado para comandá-la o senhor Elói Monteiro Nunes, tio de Janary Nunes.